El procés per solucionar els desacords entre els ajuntaments comença en el moment en què els dos consistoris que no consideren que la informació per delimitar els seus termes municipals sigui comuna aproven en el ple una acta de desacord. Llavors entra en escena la comissió de Delimitació Territorial de Catalunya. Aquesta comissió és un òrgan d'estudi, consulta i proposta en relació amb les matèries que afecten la determinació, la revisió i la modificació dels ens locals de Catalunya i de les demarcacions en què s'estructura l'administració de la Generalitat. Els ajuntaments han d'acreditar davant d'aquesta comissió la documentació que consideren que els dóna la raó. Un cop la comissió ha elaborat l'informe, el remet a la direcció general d'Administració Local. El dictamen de la comissió no és vinculant, però tot i que l'última paraula la té el conseller de Governació i Administracions Públiques, sempre ha fet cas d'aquest òrgan d'estudi.

Els ajuntaments, en cas de no estar d'acord amb la resolució final poden tornar a recórrer-hi en contra, davant de la Generalitat o el jutjat contenciós administratiu. La comissió de Delimitació Territorial també té altres funcions, com ara elaborar els estudis i les propostes de revisió per a l'aplicació de mesures de foment en casos de fusió o agregació voluntària de municipis, o per a la reforma de l'organització municipal. La comissió és integrada per vuit representants de l'administració de la Generalitat, vuit de les entitats locals (quatre ho són a proposta de l'Associació Catalana de Municipis i Comarques, i quatre a proposta de la Federació de Municipis de Catalunya), tres de les universitats de Catalunya, un representant del Col·legi de Geògrafs i un de l'Institut d'Estudis Catalans.

Queralbs i Ribes de Freser mantenen un dels desacords més importants dels oberts actualment a les comarques gironines en aquest àmbit. Tots dos ajuntaments consideren que la central elèctrica de Rialb pertany al seu municipi. Si bé històricament hi ha hagut més vincles entre Queralbs i la central, totes dues parts aporten en aquest debat documentació diversa. L'Ajuntament de Ribes considera que les actes històriques de principi del segle XX la situen al seu terme municipal. Des de la part de Ribes també s'aporta informació cadastral i cartogràfica. En canvi, Queralbs esgrimeix uns altres arguments i aporta uns altres documents. Segons el consistori queralbí, aquest terreny fa temps que és dins del seu terme, i aporta des de contribucions fins a permisos concedits a la central, i el conveni entre la mateixa central i l'Ajuntament. Queralbs també aporta documentació antiga.

La desavinença entre aquests dos municipis del Ripollès, l'ha de resoldre la comissió de Delimitació Territorial. Si al final del procés un dels dos municipis no està d'acord amb el que dicti aquesta comissió, tindrà l'opció de recórrer a la via judicial per la via del jutjat contenciós administratiu.

Flaçà i Foixà mantenen una disputa pel que fa a l'establiment de la línia de demarcació territorial a l'entorn de la riera de Mas Peiet. Les diferències entre els dos municipis se centren en la interpretació del naixement d'aquesta riera. L'Ajuntament de Foixà considera que, des del que s'entén com l'origen de la riera, el límit segueix en línia recta fins a la fita següent, mentre que Flaçà considera que, des del que s'entén com l'origen de la riera, el límit segueix el seu cadastre fins a la fita següent. El cas està pendent que els ajuntaments valorin un informe geològic.

L'àmbit motiu de discussió és entre la fita comuna amb Palafrugell i la fita comuna amb Pals. A la zona de la riera Grossa, Torrent considera que la línia del límit ha de ser recta, mentre que Regencós considera que la riera és la que marca la frontera. El cas està pendent d'aportacions i de la valoració de documents per part de la comissió.

Entre aquests dos municipis hi ha un desacord pel traçat del riu Ter al pas per l'Illa de la Pilastra i fins a la fita comuna que tenen amb Salt. Bescanó considera que el riu històricament passava per un altre lloc, mentre que Sant Gregori considera que el traçat actual està bé. La direcció general d'Administració Local està pendent de l'aportació i la valoració de les documentacions. Bescanó té un altre conflicte obert amb Salt, que precisament deriva de la indefinició de la ubicació de la fita comuna amb Sant Gregori.

Un altre conflicte al Gironès és entre Sant Julià de Ramis i Bordils. L'àmbit discutit va des de la fita comuna amb Celrà fins a la fita comuna amb Cervià de Ter. Mentre que Sant Julià considera que la línia divisòria la marca el riu Ter, Bordils defensa que es faci servir el cadastre.

Girona i Celrà tenen una disputa territorial que va més enllà d'una mera línia de delimitació perquè en el terreny, que tots dos reclamen, hi ha ubicat el castell de Sant Miquel. El consistori gironí considera que l'acta de delimitació del 5 de juny de 1976 avala la seva reivindicació, però Celrà no és del mateix parer i defensa que el puig de Castellar, on hi ha el castell, mai no ha estat de Campdorà, sinó que és de Celrà des del segle XV. Celrà també aporta la documentació del 6 de juliol del 1926 en què es demostra que el castell pertany al seu municipi, a més d'una acta addicional del 24 de setembre del 1964 que ho certifica en la mateixa direcció. El 8 de gener passat, el ple de Celrà va aprovar la proposta de comunicar al Departament de Governació el seu desacord amb l'acta de delimitació, amb la voluntat que es recondueixi la situació.

Girona recorda, en canvi, que el 2004 es va inaugurar la rehabilitació i recuperació del castell, entenent que era municipi seu. La comissió de delimitació territorial està pendent de la valoració de les documentacions aportades per totes dues parts per prendre una decisió i donar la raó a un o altre municipi o optar per una tercera solució.

Tossa i Lloret també tenen un desacord pel que fa als seus límits territorials. L'últim cop que es van atermenar totes dues poblacions va ser a l'any 1981. En el límit, que és conegut com la Fermina, es va acordar de separar el terreny mitjançant una línia recta, i això va provocar que diverses finques i fins i tot una masia quedessin partides entre tots dos municipis. El municipi de Lloret defensa aquesta línia divisòria, i no en vol acceptar cap altra. Però Tossa no hi està d'acord, i es vol basar en les fites històriques que tracen la separació de tots dos municipis, agafant com a base els accidents geogràfics i no pas les línies rectes artificials. Amb les fites històriques, Tossa reclama els confins establerts el segle XVIII. D'aquesta manera, doncs, la separació entre totes dues poblacions està marcada pel torrent de la font de Can Samada.