La descontaminació de l'embassament de Flix, un procés molt complex tècnicament i sense cap experiència semblant enlloc del món, inclou la construcció prèvia d'un mur d'aïllament i d'una planta de tractament dels sediments. També preveia la construcció d'una cinta transportadora fins a l'abocador del Racó de la Pubilla, que finalment ha caigut del projecte. El mur servirà per aïllar els sediments contaminats i perquè no tinguen cap contacte amb l'aigua del riu. Amb una longitud de més d'un quilòmetre, el mur formarà un recinte de treball on es dragarà la muntanya de fangs contaminats amb residus tòxics i radioactius, fruit de l'activitat centenària de la fàbrica d'Ercros. El projecte també preveia la construcció d'una planta per tractar els residus, amb tres filtres que premsaran i deshidrataran els materials, que també seran inertitzats i estabilitzats. Paral·lelament, abans de tornar al riu, les aigües resultants de tot el procés han de ser tractades amb diferents tècniques a la nova planta depuradora que també s'ha de construir.