L'Ajuntament de Fontcoberta i el Consorci de l'Estany estan ultimant la incorporació d'aquell consistori a l'ens que gestiona l'espai d'interès natural (EIN) de l'estany de Banyoles, al qual ja pertanyen els ajuntaments de Banyoles i de Porqueres.

En el terme de Fontcoberta hi ha dues àrees que també són EIN i que passarien a ser gestionades pel consorci: la platja d'Espolla (una llacuna intermitent molt popular i, alhora, de gran interès científic) i una part del bosc situat a prop de la llacuna i que ha estat adquirit recentment pel municipi. Per la seva banda, l'Ajuntament col·laboraria amb el consorci aportant-hi personal de la seva brigada i posant a la disposició de l'ens can Jan de la Farrés, seu d'un centre d'interpretació de la platja d'Espolla. Queden per definir dues qüestions clau: l'aportació econòmica de Fontcoberta al consorci i la seva representativitat en l'ens. En l'actualitat, en els dos òrgans de decisió (els consells executiu i plenari) hi estan representats els ajuntaments de Banyoles i de Porqueres, la Diputació de Girona i la Generalitat. La presidència l'ocupa l'alcalde de Porqueres.