L'estació transformadora serà l'element més singular de la infraestructura, i també el que tindrà un major impacte paisatgístic de la interconnexió. Aquesta estació tindrà una altura de 15 metres, necessària per encabir els diversos elements que faran falta per convertir el corrent altern en continu i viceversa. De fet, aquest serà el punt de partida de la interconnexió, i estarà format per diversos àmbits. D'una banda, l'estació transformadora de corrent, que serà l'apartat principal i que anirà coberta com si fos una nau industrial per reduir-ne l'impacte. Segons Lluís Pinós, responsable del projecte i delegat de Red Eléctrica a Catalunya, ocuparà una extensió de 172x156 metres de terreny, i la nau es pintarà amb el mateix color que les parets del cementiri de Santa Llogaia que hi ha a la vora. A més, estarà entre l'autopista i el TAV, de manera que el talús del tren la faci menys visible des del nucli de Santa Llogaia.

A part, també hi haurà una subestació convencional d'Endesa per convertir el corrent a 132 kV i així deixar-la a punt per a les línies de distribució i alimentació elèctrica de l'Alt Empordà. I, finalment, hi haurà una altra subestació, més petita, que servirà per alimentar el tren d'alta velocitat. Aquesta obra va a càrrec d'Adif, i ja està gairebé a punt per posar-se en servei un cop hi arribi corrent.