El pla territorial es configura com una eina per preservar els espais d'interès natural, agrícola i paisatgístic, i evitar la urbanització de zones de risc o mal comunicades. El projecte de pla, doncs, distingeix diferents graus de protecció del sòl. En aquest sentit, preveu la protecció especial en els espais naturals protegits, com són les 40 àrees incloses al pla d'espais d'interès natural (PEIN) i 34 més integrats a la Xarxa Natura 2000, entre les quals hi ha la reserva marina de les illes Medes i els parcs naturals de la Zona Volcànica de la Garrotxa, del Cap de Creus o dels Aiguamolls de l'Empordà. En total, el 75,17% de l'àmbit que abasta el pla territorial té assignada aquesta categoria de protecció. També preveu la protecció territorial al 10,09% del total de l'àmbit i es fa per raons d'interès agrari i paisatgístic, per raons de potencial interès estratègic, o per a la preservació de corredors d'infraestructures. Per altra banda, hi ha la protecció preventiva, que inclou els sòls classificats com a no urbanitzables que no hagin estat considerats de protecció especial o territorial, que és el 8,97% del territori.