Als municipis que han constituït el Consorci del Fluvià s'hi guarden un nombre notable d'espècies animals i vegetals, així com un patrimoni arquitectònic a tenir en compte. En el pla de gestió per al consorci que va finançar la Fundació Territori i Paisatge –coordinat pel biòleg Deli Saavedra– s'hi esmenten tretze espècies d'amfibis, disset de peixos, setze de rèptils (en destaca la tortuga de rierol), 160 d'ocells (per exemple, el martinet, el bernat pescaire, l'agró roig o el milà negre) i 26 de mamífers (de les quals, quatre de protegides: la geneta, la llúdriga, el turó i el ratpenat de ferradura). D'altra banda, hi ha dotze boscos de ribera qualificats d'especial interès. Una bona part dels espais fluvials de l'àmbit d'estudi s'han integrat a la Xarxa Natura 2000, que aplega una sèrie d'espais naturals protegits en l'àmbit europeu.

Quant al patrimoni arquitectònic o etnogràfic, al territori del consorci s'hi comptabilitzen un centenar d'esglésies, ermites, coves i jaciments arqueològics, a més de tot el barri vell de Besalú. Així mateix, es conserven rescloses, algunes centrals elèctriques i molins. Tot plegat resulta un argument de primer ordre, molt atractiu per a l'anomenat ecoturisme.