Empordàlia té dos cellers, un a Pau i un a Vilajuïga, un a cada seu, on hi ha una agrobotiga. De trull, només n'hi ha un i és a Pau. El primer molí de pedra el van tenir el 1963, dos anys després de fundar la cooperativa, i era de segona mà. El 1997 es va construir el molí modern. Es tracta d'un trull continu de dues fases que va ser ampliat el 2003. Té una capacitat de treball de 40.000 quilos d'olives per dia. Simon Casanovas, especialista en oli i viticultor, enginyer format a Lleida i a Sevilla, alerta que el procés de l'oliva a l'oli ha de ser molt ràpid. Alerta que les olives, un cop collides, han de ser premsades de seguida, i que han d'estar menys de 24 hores a la cua del trull. Per això es necessiten trulls de gran capacitat, encara que sigui per pocs dies: es garanteixen olis de gran qualitat. En la darrera campanya 2009-2010 a Pau s'han premsat 1,3 milions de quilos d'olives, principalment de les varietats argudell, corivell i llei de Cadaqués. La majoria de les oliveres de Pau són de plantacions d'oliveres del terme de Roses. Roses ja és també el municipi on hi ha més hectàrees d'olivera de les comarques gironines i, per extensió, de la Denominació d'Origen Protegida Empordà.

L'embrió d'Empordàlia és la fusió de la Cooperativa Agrícola de Pau i la cooperativa La Bodega de Roses, el 1986. La de Pau havia estat fundada l'any 1961 i La Bodega de Roses, el 1954. El resultat va ser la Cooperativa Agrícola de Pau i Roses. L'any 2005 la nova entitat es va fusionar amb la Cooperativa Vitivinícola Alt Empordà, de Vilajuïga. Aleshores, per no fer un nom llarg i poc comercial, es decideix posar un nom genèric, no excloent, que pogués identificar tots els associats i tots els municipis. I es va apostar per Empordàlia. El 2007 es produeix la tercera fusió, amb la SAT Mare de Déu del Camp de Garriguella. Després de la fusió, la seu social i l'administració es van establir a Pau, en un edifici modern ben bé a l'antic trull, on també hi ha una agrobotiga. A Vilajuïga es manté el celler i hi ha una agrobotiga oberta. El trull és a Pau.

Quant a possibles fusions amb altres cooperatives, des d'Empordàlia asseveren que no n'hi ha cap en perspectiva, perquè s'ha de consolidar l'actual projecte. De fet, no se'n poder fer gaires més, de fusions. De cooperatives a l'Alt Empordà, en queden tres de vitivinícoles –Empordàlia, Espolla i Garriguella– i tres més d'oleícoles –Empordàlia, Espolla i Palau-saverdera.

El 80% del vi produït per Empordàlia es comercialitza a través de dues marques acollides a la denominació d'origen Empordà: Sinols i Vinya Verdera. El 20% restant es comercialitza com a vi de taula, amb marques diferents per a supermercats i per al sector de l'hostaleria. Vinya Verdera és una de les antigues marques de la cooperativa abans de la fusió. S'inspira en la serra de Verdera o de Rodes, al cap de Creus mateix. Sinols es va generar el 2000, inspirat en un paratge de Roses, municipi d'una de les tres cooperatives fusionades; aquest nom es va triar per la sonoritat, perquè és un nom comercial i perquè representa un reconeixement a Roses. A més, la cooperativa ha creat la marca Empordàlia per a un vi escumós de qualitat de la DO Empordà. De fet, la marca oleícola és Oli de Pau.

Molt abans que l'oli de l'Empordà esdevingués una denominació d'origen protegida (DOP), el suc premsat d'olives de referència a les comarques gironines era l'oli de Pau. Empordàlia és el primer productor d'oli empordanès. Els cooperativistes oleícoles d'Empordàlia conreen 600 hectàrees d'olivera, entre l'Alt i el Baix Empordà. Quant a les oliveres, moltes són centenàries i la majoria són de les varietats argudell (80%), corivell i llei de Cadaqués, autòctones de l'Empordà. Un 15% és arbequina (d'Arbeca, les Garrigues). Hi ha associats que van plantar oliveres de la picual (d'origen andalús), que l'any vinent quedarà fora de la DOP, segons el nou reglament aprovat per la UE. El gerent d'Empordàlia i president de la DOP Oli de l'Empordà, Simon Casanovas, manté que l'oli està en alça. Han passat de collir 200.000 quilos d'olives el 1997, fins a més d'1 milió de quilos d'oliva actualment, una producció de 200.000 litres d'oli.