Seqüencien PCR positives per determinar-ne variants
El Laboratori Clínic Territorial va començar a fer-ho a la primavera juntament amb el laboratori de diagnòstic genètic de cardiologia
Cada setmana se seqüencien entre 60 i 80 mostres
Des d’aquesta primavera, el Laboratori Clínic Territorial de Girona ha inclòs la seqüenciació de les soques de Covid-19 a la seva cartera de serveis. El laboratori de Girona és un dels vuit laboratoris de Catalunya que participen en aquest procés de seqüenciació. Aquest procés es realitza de manera habitual en totes aquelles PCR positives de les quals l’Agència de Salut Pública demana específicament identificar-ne la variant i de manera aleatòria en un percentatge de les mostres que cada setmana són recollides de diferents hospitals i centres d’atenció primària de la regió sanitària.
El procés de seqüenciació es realitza des del laboratori de diagnòstic genètic de cardiologia (Gencardio), situat a les instal·lacions de l’Idibgi. Per poder seqüenciar el SARS-CoV-2, primer de tot cal amplificar-lo mitjançant la tècnica de PCR; és a dir, fer moltes còpies del material genètic del virus per tenir-ne més quantitat i poder seqüenciar de manera més acurada. Donat que interessa detectar les diferents soques, es fa una ampliació de tot el virus, el que s’anomena seqüenciació completa o de genoma sencer.
Noves soques
Amb aquest procés de seqüenciació completa no només s’identifiquen les soques que existeixen actualment, sinó que també permet detectar-ne de noves. Aquest procés es realitza amb un aparell d’ultraseqüenciació, anomenat MiSeq, que es fan servir de manera rutinària al laboratori per a les anàlisis genètiques. Les dades són processades mitjançant eines bioinformàtiques per detectar les diferents variants del virus
El procés de seqüenciació al laboratori territorial de Girona es va posar en marxa concretament el 10 de març. En aquests mesos s’han s’han processat més de 600 mostres, malgrat que prèviament ja se’n van seqüenciar 90 més en fase de proves. Al laboratori gironí se seqüencien entre 60 i 80 mostres cada setmana.
