Tres reserves naturals integrals en tot el parc
La RNI de les Llaunes, la dels Estanys i la de l’Illa de Caramany constitueixen les 825 hectàrees amb la major protecció mediambiental prevista a Catalunya
El Parc Natural dels Aiguamolls de l’Empordà té zones amb graus diversos de protecció. Les més protegides són les reserves naturals integrals (RNI), que en aquest parc n’hi ha tres: la de les Llaunes, a l’entorn del conegut Cortalet; la dels Estanys i l’estany i l’aguait de Vilaüt, i la de l’illa de Caramany, la més petita de les tres, a l’altra banda del riu Fluvià. La reserva del Estanys, zona situada geogràficament en la seva major part a l’esquerra de la C-26 en direcció a Roses i travessada per la GIV 6103, que va de Palau-saverdera a Castelló d’Empúries, és un sector amb gran diversitat de paisatges i ambients. Hi ha extensos canyissars, boscos de ribera. Dins de la reserva hi ha els estanys de Palau, l’estany del Mornau, d’Aiguaclara, d’en Pericus i del Tec, i també a la banda més interior i allunyada del mar, l’estany de Vilaüt i la bassa Rodona.
La finalitat de la declaració com a reserva natural integral és la protecció d’ecosistemes, comunitats o elements biològics o geològics que, per la seva fragilitat, raresa, representativitat o singularitat, mereixen una valoració especial. El Parc Natural dels Aiguamolls de l’Empordà (PNAE) es troba a l’Alt Empordà i nou municipis tenen part del seu terme dins el PNAE: Castelló d’Empúries, Sant Pere Pescador, Palau-saverdera, Peralada, Pau, Pedret i Marzà, l’Escala, Roses i l’Armentera.